St. Marien är Rostocks största och mest betydelsefulla kyrka, som omnämns för första gången i ett dokument från 1232. Tvärskeppet och långhuset i den korsformade basilikan är lika långa och förstärker det mäktiga och slutna intrycket. Kyrkan har en värdefull inredning, till exempel den äldsta fungerande astronomiska klockan i norra Tyskland från år 1472, som fortfarande har originaldelar, samt ett dopfont i brons från år 1290.
S:t Mariakyrkans ursprung är höljt i dunkel. Första gången en predikant vid S:t Maria omnämns i ett dokument är år 1232. Den första kyrkbyggnaden vid St. Marien var en tidiggotisk hallkyrka med en valvhöjd på cirka 15 meter och ett enkelt sadeltak, vars anslutning till väggen fortfarande kan ses på kyrktornets östra sida.
Efter att St. Marien år 1265 utnämnts till huvudkyrka i staden Rostock räckte denna byggnad inte längre till för att tillgodose medborgarnas behov på sikt. Därför påbörjades år 1290 en utbyggnad till en basilika efter förebild från Marienkyrkan i Lübeck. Byggnadsarbetet pågick i över hundra år. Kyrkan har haft sin nuvarande utformning sedan 1440 och tornet sedan 1796.
Fram till sekelskiftet mellan 1800- och 1900-talet var St. Marien universitetskyrka. Skyltar i professorns bänk påminner fortfarande om detta. Sedan några år tillbaka äger den högtidliga inskrivningen av de nya studenterna rum i St. Marien runt universitetets invigningsdatum.
St. Mariens omfattande kyrkobibliotek överfördes då till universitetsbiblioteket.
En särskild sevärdhet är den astronomiska klockan. Den skapades 1472 av urmakaren Hans Düringer, och huvudurverket innehåller fortfarande de ursprungliga delarna från den tiden. Både huvudverket, kalenderverket och klockspelet, apostlarnas rond och timklockan dras upp för hand varje dag. År 1642 utökades klockan med klockspelet, apostlarnas rond och det konstfulla renässanshöljet. Högst upp på en utskjutande plattform rör sig varje dag klockan 12.00 och 24.00 sex figurer (evangelister och apostlar) i en högtidlig procession förbi Kristus, som står i mitten och välsignar dem. Till detta ljuder klockspelet varje hel timme.
