Siden 2001 har bygningerne fra den tidligere jødiske menighed i Hagenow været en del af museet. Komplekset omkring synagogen, der blev opført i Hagenstraße i 1828, er med sin helhed enestående i Mecklenburg.
I forbygningen lå religionsskolen med lærer- og pedelboliger samt det rituelle bad (mikveh). På gårdspladsen står den imponerende synagoge og vognhallen. Selvom synagogens indretning blev ødelagt under pogromnatten i 1938, forblev bygningernes substans intakt, og de blev mellem 2004 og 2009 gennemgribende restaureret. I forbygningen, det nuværende Hanna-Meinungen-Haus, har man siden 2010 kunnet se den permanente udstilling »Spor af jødisk liv i Hagenow og Vestmecklenburg«. I den gamle synagoge afholdes der ud over tre særudstillinger med kunst og fotografi regelmæssigt koncerter, foredrag og kulturelle arrangementer.
