Snesevis af ventilationsrør stikker op af jorden lige i nærheden af fyrtårnene. Bunkerne på Kap Arkona har en lang historie. Den begynder i 1915 med opførelsen af den første bunker, som dog ikke er blevet renoveret og af sikkerhedsmæssige årsager ikke er åben for offentligheden.
Den mindre bunker stammer fra Wehrmacht og blev under DDR-tiden omdannet til en tjenestestation for den 6. kystgrænsebrigade. Den kaldes »Arkona-bunkeren«. I dag rummer den en udstilling om Kap Arkona’s historie, fra den slaviske tid til i dag. Der er gratis adgang. Den større bunker blev opført i årene 1979 til 1986. Med udgangspunkt i en hovedgang med to indgange findes der flere uafhængige enkeltbunkere med et samlet areal på 2.000 kvadratmeter. Den fungerede som kommandocentral for den 6. flådeenhed i Volksmarinen og den Forenede Østersøflåde (VOF), der var stationeret på skibets forstavn. Bunkerne fungerede som en såkaldt »beskyttet kommandocentral« og skulle i tilfælde af krig beskytte mod giftige gasser og radioaktiv stråling. Den anden store tunnel rummer i dag en udstilling af skibsmodeller samt gamle navigationsinstrumenter. Anlægget blev lukket ned på dagen for Tysklands genforening, den 3. oktober 1990.
