St. Katharinen är ett av de få klostren i norra Tyskland vars gotiska byggnader har bevarats nästan i sin helhet. Det grundades år 1251 av dominikanerna.
Klostret grundades av furste Jaromar II av Rügen. Ursprungligen var denna tegelbyggnad en 73 meter lång, treskeppig hallkyrka. En arkitektonisk särdrag är kapitelrummet med sitt vackra korsribbvalv, uppburet av åtta smala pelare med valvmålningar från 1400-talet. Det räknas till de vackraste interiörerna inom den nedertyska tegelgotiken. I och med reformationen övergick Katarinaklostret i stadens ägo. År 1560 flyttade elever och lärare från det då nygrundade gymnasiet in i den västra delen. Den humanistiska utbildningsinstitutionen hade sin hemvist här fram till 1945. Den östra delen av klostret fungerade som kommunalt barnhem fram till 1919. Under århundradenas lopp har många ombyggnader genomförts, men de olika lokalernas arkitektoniska charm har bevarats. Efter omfattande restaureringsarbeten mellan åren 1921 och 1924 blev det säte för Provinsmuseet för Nya Vorpommern och Rügen. Med sina mer än 50 rum rymmer Katharinenklostret sedan 1924 det kulturhistoriska museet (omdöpt till Stralsund Museum) och sedan 1951 det tyska havsmuseet och akvariet.År 1973 byggdes en fribärande konstruktion in i hallkyrkan, vilket gör det möjligt för det tyska havsmuseet att intensivt utnyttja klostret som utställningsyta. Mellan 2020 och 2025/26 genomfördes en renovering av båda museidelarna, med omfattande byggnadsforskning och restaureringsarbeten.
