St. Katharinen er et af de få klostre i Nordtyskland, hvor den gotiske arkitektur er bevaret næsten fuldstændigt. Det blev grundlagt i 1251 af dominikanerne.
Klosteret blev grundlagt af fyrste Jaromar II af Rügen. Oprindeligt var denne murstensbygning en 73 meter lang, treskibet hal-kirke. Et arkitektonisk særtræk er kapitelhuset med sit smukke krydsribbehvælv, der bæres af otte slanke søjler med hvælvingmalerier fra det 15. århundrede. Det regnes for et af de smukkeste rum inden for den nedertyske murstensgotik. Med reformationen overgik Katharinenklosteret til byens ejendom. I 1560 flyttede elever og lærere fra det dengang nyoprettede gymnasium ind i den vestlige del. Det humanistiske uddannelsescenter havde sit hjemsted her indtil 1945. Den østlige del af klosteret fungerede som byens børnehjem indtil 1919. I løbet af århundrederne er der foretaget adskillige ombygninger, men de forskellige rum har bevaret deres arkitektoniske charme. Efter omfattende restaureringsarbejder i årene 1921 til 1924 blev det hjemsted for Provinsmuseet for Nyvorpommern og Rügen. Med sine mere end 50 rum har Katharinenklosteret siden 1924 huset det kulturhistoriske museum (omdøbt til Stralsund Museum) og siden 1951 det tyske havmuseum og akvarium.I 1973 blev der indbygget en selvbærende konstruktion i hallkirken, hvilket giver Det Tyske Havmuseum mulighed for intensiv udnyttelse af klosteret som udstillingsareal. Fra 2020 til 2025/26 fandt der en renovering af begge museumsområder sted, ledsaget af omfattende bygningsundersøgelser og restaureringsmæssige afdækninger.
