Samtidigt som stadskyrkan St. Marien byggdes under 1200-talet uppstod ett andra kyrkligt centrum: franciskanerklostret. Till detta hörde en enkel klosterkyrka av fältstenar, som byggdes ut i början av 1300-talet – dagens St. Johannis-kyrka. Efter att Marienkyrkan förstördes 1945 blev Johanniskyrkan huvudkyrka. Den fick sitt nuvarande utseende genom två större byggnadsfaser under 1800- och 1900-talen.
S:t Johanneskyrkan i Neubrandenburg är idag mycket populär bland dem som uppskattar orgel- och körkonserter. Den uppfördes som en fältstenskyrka tillhörande ett franciskanerkloster omkring 1250/60. Efter två bränder före 1355 byggdes kyrkan ut till en tvåskeppig tegelbyggnad med korsvalv. Under 1300-talet tillkom ett polygonalt långkor i östra delen. Efter reformationen användes koret, avskilt med en vägg, som förråd. I mitten av 1800-talet rasade det samman. Under åren 1891 till 1894 omgestaltades kyrkan. Bland annat förnyades valvet och målades i nygotisk stil. Efter att Marienkyrkan förstördes 1945 blev Johanniskyrkan huvudkyrka. Mellan 1976 och 1980 restaurerades och omgestaltades den på nytt. Sedan 2008 pågår återigen omfattande renoveringsarbeten. Varje onsdag från juni till september kan besökare klockan 12.00 lyssna på orgelmusik i 20 minuter.
