Mens bykirken St. Marien blev opført i det 13. århundrede, opstod der samtidig et andet kirkeligt centrum: franciskanerklosteret. Hertil hørte en enkel klosterkirke af marksten, som blev udvidet i begyndelsen af det 14. århundrede – den nuværende St. Johannis-kirke. Efter ødelæggelsen af Marienkirken i 1945 blev Johanniskirken hovedkirken. Den fik sin nuværende udformning gennem to større ombygningsfaser i det 19. og 20. århundrede.
St. Johannis-kirken i Neubrandenburg er i dag meget populær blandt elskere af orgel- og korconcerter. Den blev opført som en feltstenkirke tilhørende et franciskanerkloster omkring 1250/60. Efter to brande før 1355 blev kirken udvidet til en to-skibs bygning i mursten med kryds hvælvinger. I det 14. århundrede blev der tilføjet et polygonalt langkor mod øst. Efter reformationen fungerede koret, der var adskilt af en mur, som lagerrum. I midten af det 19. århundrede styrtede det sammen. I årene 1891 til 1894 blev kirken ombygget. Her blev blandt andet hvælvet fornyet og malet i neogotisk stil. Efter ødelæggelsen af Marienkirken i 1945 blev Johanniskirken hovedkirken. Fra 1976 til 1980 blev den endnu en gang restaureret og ombygget. Siden 2008 er der igen blevet udført omfattende renoveringsarbejder. Hver onsdag fra juni til september kan besøgende kl. 12.00 lytte til orgelmusik i 20 minutter.
