Kościół w Karlshagen jest jedynym nowym kościołem wybudowanym w XX wieku na wyspie Uznam oprócz kościoła w Bansin.
Ze względu na rosnącą liczbę mieszkańców i gości wakacyjnych, Karlshagen zbudowało i konsekrowało własny kościół w 1912 roku. Podczas II wojny światowej Peenemünde zostało zbombardowane w nocy z 17 na 18 sierpnia 1943 roku. Zniszczony i wypalony kościół został odbudowany w 1953 r. dzięki zbiórce pieniędzy przeprowadzonej przez pastora z Karlshagen, Adolfa Spreemanna. Kościół został całkowicie odnowiony w 1991 roku. Obecnie kościół jest wykorzystywany na różne sposoby jako kościół halowy.