Kościół św. Jakuba w Stralsundzie został po raz pierwszy wspomniany w dokumencie z 1303 roku. Kościół, który był wówczas w budowie, jest najmłodszym z trzech kościołów parafialnych w hanzeatyckim mieście Stralsund. Różnorodnie glazurowane, profilowane cegły oraz bogactwo ornamentów żaluzji i fryzów wyraźnie odróżniają bazylikę od innych kościołów w Sundian.
Kościół św. Jakuba został zbudowany na dawnej linii podziału między starym i nowym miastem Stralsundu. W połowie XIV wieku nawa pierwotnego kościoła halowego została podwyższona, nawy boczne zostały powiększone o kaplice i wzniesiono nową zachodnią wieżę. Wysoka na 68 metrów wieża nadała pozbawionemu chóru kościołowi jego najpiękniejszy element architektoniczny.
W swojej historii kościół św. Jakuba odniósł wiele ran. Spośród trzech kościołów parafialnych w Stralsundzie ucierpiał najbardziej: w 1628 roku został trafiony trzydziestoma pociskami podczas oblężenia Wallensteina. W 1662 r. gotycka piramida wieży została spalona przez piorun. Barokowa kopuła wieży została zbudowana w 1678 r. Ostrzał artyleryjski spowodował znaczne szkody we wnętrzu kościoła w 1678 i 1715 roku. Na początku XIX wieku Francuzi wykorzystywali go jako stajnię. Jakobi nie został również oszczędzony podczas nalotu 6 października 1944 roku. Ocalała jednak wspaniała ambona autorstwa rzeźbiarza ze Stralsundu Hansa Luchta oraz obraz olejny Johanna Heinricha Tischbeina z motywami "Zstąpienia z krzyża" i "Wniebowzięcia". W 1955 r. w galerii wieży zainstalowano Salę Gustava Adolfa. Kościół św. Jakuba został odrestaurowany z pomocą funduszy federalnych i krajowych, a także Niemieckiej Fundacji Ochrony Zabytków.
Dziś w kościele św. Jakuba nie odbywają się już nabożeństwa - jako kościół miejski i kulturalny jest teraz specjalnym miejscem dla wydarzeń takich jak przedstawienia teatralne, wystawy i koncerty.
Od 2020 roku w kościele działają również nowe stare organy. Instrument nie nadawał się do gry, ponieważ został splądrowany pod koniec II wojny światowej. Przez trzy lata był odbudowywany przy użyciu tradycyjnego XVIII-wiecznego rzemiosła: Nowe organy Wegscheidera zostały zainstalowane w zabytkowej barokowej obudowie organowej z 1741 roku - nowy historyczny instrument w starym historycznym stroju. Dla nowych organów wybrano XVIII-wieczny styl brzmienia. Styl ten uosabia potężną pełnię i barwność. Zainspirowane stylem Gottfrieda Silbermanna i Joachima Wagnera, organy są uznawane za pierwsze duże "organy Bacha" w MV. Są to również największe nowe organy kiedykolwiek zbudowane w Meklemburgii-Pomorzu Przednim i gwarantują szeroki zakres wykonań koncertowych, na przykład w połączeniu z solistami, chórami i orkiestrami.
