De voormalige kerk in romaanse stijl werd bijna volledig verwoest tijdens een grote stadsbrand in 1397. Op 6 juni 1397 verleende Johann, bisschop van Garda en hulpbisschop van de afwezige Johann von Camin, die in Malchin aanwezig was, de afgebrande Johanneskerk in Malchin een aflaat "voor wederopbouw en uitrusting" om de wederopbouw van de kerk snel te bevorderen. Het nieuwe kerkgebouw werd al in 1440 ingewijd.
Het werd gebouwd als een driebeukige gotische basiliek. De oorspronkelijke gotische torenspits viel in 1648 naar beneden en werd toen vervangen door een barokke koepel, die in 1897 licht werd gewijzigd.
De gotische kerk is een symbool met als kenmerken enerzijds de mooi georganiseerde en zichtbare structuur van de dragende en verbindende bouwelementen en anderzijds de omgang met licht, de "transparantie van de muren". Onze kerk - een ruimte van rust met grote ramen naar buiten. De altaarconstructie is een werk uit 1824 en het schilderij met de kruisiging van Christus is gemaakt door Wilhelm Krüger. De omringende zuilen zijn gemaakt van stucco lustro, een marmersubstituut. Bovenaan staan de apostelen Petrus en Johannes. De kruisiging van Christus wordt omlijst door de gebrandschilderde ramen links en rechts, die in 1902/03 werden geïnstalleerd. Onder de twee ramen staan twee oude grafstenen, waarvan de linker een kanunnik van Güstrow voorstelt, Nikolaus Breyde. De grafsteen rechts herdenkt Dr. Johannes Sadenwather, een verdienstelijk burgemeester en kroniekschrijver van Malchin, en zijn vrouw.
Het barokke front van het orgel is afkomstig van een oud orgel uit 1780 en werd op zijn plaats gelaten toen de Mecklenburgse orgelbouwer Friedrich Friese in 1877 een nieuw orgel voor de kerk bouwde. Het orgel heeft twee klavieren, pedaal en 28 stemmen. Het wapen van Mecklenburg op de galerij herinnert aan de staatsconventies in Malchin.
In de Mariakapel, boven het 19e-eeuwse Lütkemüller-orgel, wordt de 15e-eeuwse triomfkruisgroep bewaard, die ooit een plaats had boven de trappen naar het koor van de grote kerk.
De grootste schat van onze kerk is het 15e-eeuwse Maria-altaar. Dit werk diende oorspronkelijk als hoofdaltaar na de wijding van onze kerk in 1440. In het midden van de gebeeldhouwde vaste zijde staat de kroning van Maria, de moeder van Jezus. Aan haar zijde staan 36 heiligen, waaronder de twaalf apostelen. De buitenste panelen van de altaarvleugels vertellen het verhaal van Jezus' leven, zijn geboorte en passie, maar ook dat van Johannes de Doper en legendes uit het leven van Johannes de Evangelist.
Technische afmetingen van de kerk:
Hoogte van het kerkinterieur: 22 meter
Lengte: 42 meter
Hoogte van de kerktoren: 65 meter
